他摒弃了以往各地官仓账目混乱、堆储随意、损耗惊人的旧弊，强力推行“天工院-少府”联合制定的《新式仓廪管理规程》。

规程要求：所有官仓必须采用标准化的分区、分类、分等堆码法，不同种类的粮食、物资必须分开存放，设立卡片台账，记录入库时间、数量、质量、经手人。

出入库必须凭加盖双方印信的正式文书，并当场核对，账、卡、物必须每日核对。

推行“先进先出”原则，防止陈粮霉变。

同时，设立独立的监察御史，定期或不定期抽查盘库，对贪墨、损耗异常者，严惩不贷。

这些措施起初遭到了不少地方仓吏的抵制和阳奉阴违，认为“太过麻烦”、“多此一举”。

但萧何态度强硬，在始皇的支持下，联合廷尉，以雷霆手段处理了几处顶风作案的粮仓，罢黜、下狱了一批胥吏，顿时风气一肃。

新法推行数月，效果立显。

各地上报的仓粮损耗率平均下降了两成，账实不符的情况大大减少，国库对各地存粮的掌控力显着增强。

其次是采购与物流体系。

以往少府采买军械物资，多通过几家固定的、与朝中贵戚有联系的大商贾，其中回扣、盘剥、以次充好现象严重。

萧何凭借其“将作少府丞”的身份和天工院的背景，着手建立“天工院-少府”联合采购体系。

对天工院自身能生产的军械，由少府直接向天工院下单，按成本加合理利润结算，砍掉了中间商，价格比以往向民间采购降低了三成以上，且质量更有保证。

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对天工院不生产或产量不足的物资，则采取“公开竞价，资质审核”的方式。

由少府发布采购需求，符合资质的商贾均可投标，由少府、天工院、御史三方联合评议，择质优价廉、信誉良好者中标。

此举打破了少数大商贾的垄断，引入了竞争，采购成本再次下降，同时也让一批有实力、信誉好的中小商贩有了机会，促进了商业流通。

在物流方面，萧何大力支持天工院的水利运输工具。

除了“车轮舸”，还推广了结构更坚固、载重量更大的“漕船”，并在渭水、黄河主要码头，兴建或改建标准化的货栈和装卸平台。

他规划了数条水陆联运的北伐粮道，充分利用水路运量大、成本低的优势，仅此一项，预计就能节省民夫征发和牲畜损耗超过三成。

其三是账目与审计。

萧何将天工院工政司那套源自后世、又经过他改良的“复式记账法”和“预算决算制度”，引入了少府的财务管理。

要求所有收支，必须分录明确，有凭有据，定期编制报表。

他设立了独立的审计小组，对重大项目和经常性开支进行专项审计。

同时，要求天工院与少府之间的资金往来，也必须账目清晰，定期对账。